Το κόστος σύστασης και λειτουργίας μιας Ατομικής επιχείρησης είναι ιδιαιτέρως χαμηλό και κατ’ επέκταση «φιλικό» προς το νέο επιχειρηματία. Το συνολικό κόστος που καλείται να πληρώσει κάποιος για την ίδρυση μιας ατομικής επιχείρησης περιλαμβάνει τα έξοδα προεγγραφής και εγγραφής στο αρμόδιο Επιμελητήριο καθώς και την εγγραφή της στο Ο.Α.Ε.Ε. Σε περίπτωση που απαιτείται άδεια λειτουργίας της επιχείρησης, στο κόστος προστίθεται το αντίστοιχο παράβολο. Στο κόστος λειτουργίας της επιχείρησης πρέπει να υπολογιστεί η καταβολή τέλους επιτηδεύματος στην περίπτωση που το φυσικό πρόσωπο δεν είναι η πρώτη φορά που κάνει έναρξη εργασιών (αλλιώς έχει απαλλαγή για τα πρώτα 5 έτη) και η ετήσια συνδρομή στο Επιμελητήριο (προαιρετική).
Τα λογιστικά αρχεία της τηρούνται με ηλεκτρονικό ή χειρόγραφο τρόπο και περιλαμβάνουν βιβλία εσόδων – εξόδων, ενώ οι χρηματοοικονομικές καταστάσεις τις οποίες υποχρεούται να συντάσσει ανά περιόδους περιορίζονται στην Κατάσταση Αποτελεσμάτων και σε ειδικές περιπτώσεις Ισολογισμό.
